Después de una inversión de mi tiempo en encontrar solución a este problema se los voy a compartir. Primeramente, uso Eclipse para programar en J2EE  y GAE/J pero  últimamente por razones de trabajo integré el IDE de Liferay para hacer desarrollos de portlets, sin embargo después de haber instalado éste IDE, el Eclipse me estaba arrojando errores cada vez que corría algún servidor o compilaba alguna clase.

Esto se debe a un issue del IDE de Liferay que ya fue reportado y solucionado por el equipo de desarrollo de Liferay, lo único que debemos hacer es actualizar algunos archivos mediante el instalador de software de Eclipse.

Para Eclipse Helios: http://releases.liferay.com/tools/ide/eclipse/helios/nightly/

Para Eclipse Galileo: http://releases.liferay.com/tools/ide/eclipse/galileo/nightly/

Agregamos la liga del Eclipse que usemos como muesta la imagen y nos aparecerán los archivos, entonces los seleccionamos y seguimos los pasos del instalador, reiniciamos el Eclipse y listo!, un problema menos en que preocuparnos.